本片根据1992至1997年间在美国MTV台播出的卡通连续剧改编，故事发生在400年后的地球，人类已经因为一场瘟疫被基本消灭殆尽，只剩下一座由科学家管理的孤城作为幸存者最后的方舟。在这里有着发达的科技和洁净的空气，物品丰富，人民生活得看似无忧无虑，但事实上它却是个集权统治下的反乌托邦社会。政府控制人民的思想与言论，异见分子随时可能失踪。侥幸生存下来的反抗军不得不转到地下活动，他们要为自由而奋斗，为那些无辜的失踪者而战斗。本片主人公魔力女战士是个身手矫健的地下组织女战士，关于她的过去和身世都是个谜。这次她奉命杀死集权政府最高统治者，并揭开这整个城市的秘密。